《儒藏》工程由编纂与研究两部分构成，它既要对儒学文献作全面的整理，又要对儒家文化作系统的研究。编纂部分又分两步进行，先编“精华编”，再编“大全本”。经研究论证，《儒藏》精华编收录中国历史上具有代表性的儒学文献——包括传世文献和出土文献400余种。另外，收录历史上受到儒家文化深刻影响的东亚地区——韩国、日本、越南等国以汉文撰写的重要儒学著作100余种。《儒藏》精华编将传世文献、出土文献与域外文献萃为一编，这在中国古籍整理编纂史上还是第一次。《儒藏》精华编按传统的四部分类，经简明校勘、标点，以繁体、竖排的方式排印，这既可避免与近年来影印的一系列大型古籍丛书重复，又便于阅读及制作成电子文本，能够更好地满足当代学术研究和文化传承的需要。《儒藏》大全本还将进一步收录5000余种、约15亿字的儒学文献。